Замислата да се формира градски музеј на Скопје се појавила во триесетите години на XX век, најнапред како одделение на Градската општина во составот на т.н. Музеј на Јужна Србија во Скопје
По 1945 година, во Скопје како главен град на Народна Република Македонија, созреваат условите за формирање на градски музеј, кој ќе го собира, заштитува и проучува културното наследство на градот и неговата околина. Во 1949 година, Градскиот Народен одбор на Скопје (ГНО) го основал Народниот музеј на град Скопје. Основач било Општинското собрание на град Скопје, а прв директор била назначена Блага Алексова (1949-1950).
Музеј на Град Скопје
Официјалното отворање на Музејот било планирано за 11 октомври 1951 година, со отворањето на постојана изложбена поставка по повод десет години од антифашистичкото востание во Македонија.